Wilayah yuridiksi Pengadilan Negeri Ruteng meliputi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Manggarai dan Kabupaten Manggarai Timur. Sebelumnya, wilayah hukumnya mencakup ketiga kabupaten tersebut sebelum adanya pemisahan. Kabupaten Manggarai terdiri atas 12 kecamatan, yang dibagi lagi atas 145 desa dan 26 kelurahan. 12 Kecamatan itu adalah:
1. Langke Rembong.
2. Wae Rii.
3. Ruteng.
4. Cibal.
5. Cibal Barat.
6. Reok.
7. Rahong Utara.
8. Satar Mese.
9. Satar Mese Barat.
10. Satar Mese Utara.
11. Lelak.
12. Reok Barat.
Kabupaten Manggarai Timur juga terdiri atas 12 kecamatan, diantaranya:
1. Elar
2. Elar Selatan
3. Kota Komba
4. Lamba Leda
5. Lamba Leda Selatan
6. Lamba Leda Timur
7. Lamba Leda Utara
8. Poco Ranaka
9. Rana Mese
10. Sambi Rampas
11. Borong
12. Congkar